Fakultas Peternakan didirikan pada tanggal 1 Mei 1964. Pada saat itu setelah melalui kajian yang berdasarkan potensi dan kebutuhan daerah Sulawesi Selatan dalam bidang peternakan, maka masyarakat dan pemerintah daerah yang disponsori Inspeksi Dinas Peternakan Propinsi Daerah Tingkat I Sulawesi Selatan dengan dibantu oleh kepala-kepala Dinas Lingkungan Peternakan pada tahun 1963 dibentuklah suatu panitia Pendiri Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) yang diketuai oleh Bapak Syamsuddin Dg. Mangawing dengan anggota-anggotanya Bapak A. Pangerang Petta Rani, drh. Achmad Dahlan dan drh. Muhammad Gaus Siregar.
Pada waktu itu (FKHP) masih berstatus swasta, dan telah memulai perkuliahan pada tanggal 10 Oktober 1963 dengan staf pengajar dari Universitas Hasanuddin, Dinas Kehewanan dan Instansi lain yang ada hubungannya dengan penyelenggaraan pendidikan di FKHP. Pada tanggal 1 Mei 1964 FKHP memperoleh status negeri yang diintegrasikan ke dalam Universitas Hasanuddin dengan nama Fakultas Peternakan berdasarkan SK Menteri PTIP No: 37/1964 tertanggal 4 Mei 1964. Sedangkan Kedokteran Hewan tidak dapat dilanjutkan karena fasilitas yang terbatas. Pada awalnya Fakultas ke-9 di Universitas Hasanuddin ini hanya tercatat 4 staf pengajar yaitu: Drh. Waskita Wirija Miharja, Drh. F.P. Sumbung, Drh. Linggodjiwo dan A. Baso Rustam Ronda, B.Agr.Sc dengan jumlah mahasiswa sebanyak 79 orang.
Tahun 1977 berdasarkan SK Rektor no. 1542/1977 tertanggal 4 Agustus 1977, Fakultas Peternakan disatukan dengan Fakultas Pertanian dengan nama Fakultas Imu-ilmu Pertanian. Pada tanggal 1 Oktober 1982 Fakultas Peternakan kembali berdiri sendiri. Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 154/1983 tertanggal 5 Mei 1983 Fakultas Peternakan menambah Jurusan yaitu Jurusan Perikanan. Selanjutnya keluar pula SK Menteri P dan K RI No. 056/0/1983 tertanggal 8 Desember 1983 bahwa Fakultas Peternakan terdiri dari 4 jurusan yaitu Produksi Ternak, Nutrisi dan Makanan Ternak, Perikanan serta Sosial Ekonomi Peternakan.
Pada tahun 1996 berdasarkan SK Dirjen Dikti, Departemen P dan K RI no. 532/dikti/Kep/1996 Jurusan Perikanan menjadi Fakultas Perikanan sehingga Fakultas Peternakan tinggal tiga jurusan. Tahun 2002 berdasarkan SK Dirjen Dikti no. 149/D/T/2002 tanggal 25 Januari 2002 terbentuk Program Studi Teknologi Hasil Ternak di bawah Jurusan Produksi Ternak. Tanggal 29 Nopember 2007, terbit SK Dirjen Dikti no. 163/DIKTI/KEP/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi dimana Fakultas Peternakan terdiri dari 4 Program Studi yaitu Produksi Ternak, Nutrisi dan Makanan Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan dan Teknologi Hasil ternak.
Pada tahun 2010 berdasarkan SK Dirjen Dikti Kemendiknas no. 1451/D/T/2010 tanggal 29 Nopember 2010 Fakultas Peternakan keempat program studi melebur menjadi satu program studi yaitu Program Studi Peternakan, dengan izin penyelenggaraan berdasar SK Dirjen Dikti no. 3137/D/T/K-N/2010 tanggal 22 Juli 2010. Dalam perjalanannya Fakultas Peternakan telah beberapa kali melakukan reorganisasi diri untuk merespon dinamika perkembangan yang terjadi. Tahun 2014 merupakan tahun keempat Fakultas Peternakan Unhas menerima mahasiswa S1 untuk satu prodi yakni Prodi Peternakan dari sebelumnya empat Prodi (Produksi Ternak, Nutrisi dan Makanan Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan, dan Teknologi Hasil Ternak). Disamping Program Studi S1 Peternakan, Fakultas Peternakan juga membina empat Prodi lainnya yaitu prodi Vokasi D-IV Teknologi Produksi Ternak, Vokasi D-IV Agribisnis Peternakan dan prodi S2 Ilmu dan Teknologi Peternakan dan S3 Ilmu Peternakan. Kelima Prodi tersebut, didukung sepenuhnya oleh tiga departemen yakni Departemen Produksi Ternak, Nutrisi dan Makanan Ternak dan Sosial Ekonomi Peternakan. Bagian-bagian tersebut mengelola beberapa laboratorium untuk mendukung kegiatan tridarma (pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat).
Disamping laboratorium yang berada di kampus, Fakultas Peternakan juga dilengkapi dengan laboratorium lapangan berupa Mini Ranch di Kabupaten Enrekang dan Kabupaten Gowa, Maiwa Breeding Center di Maroanging Kabupaten Enrekang dan mitra pada peternakan rakyat di Kabupaten Enrekang, Barru dan Soppeng. Terdapat pula Unit Closed House ayam potong Kerjasama kemitraan Fakultas Peternakan dengan PT Charoen Phokphand.
